W 2001 roku Pernambucano przeprowadził się do Francji, gdzie został piłkarzem Olympique Lyon. Szybko stał się jednym z najważniejszych graczy w drużynie, notował wiele bramek oraz asyst, a Gérard Houllier doceniając postawę Brazylijczyka mianował go kapitanem Lyonu. Razem z Lyonem Juninho od 2002 do 2008 roku nieprzerwanie sięgał po tytuły mistrza Francji, a oprócz tego regularnie grywał w Champions League. 27 maja 2005 roku został wybrany do jedenastki sezonu w Lidze Mistrzów, obok takich piłkarzy jak Ronaldinho, Michael Ballack czy Steven Gerrard. Co roku był jednym z najlepszych strzelców w zespole, a większość trafień zaliczał poprzez bezpośrednie uderzenia z rzutów wolnych. Po zakończeniu sezonu 2008/2009 Juninho pozostał wolnym zawodnikiem, a następnie przyjął ofertę transferu do Al-Gharafa. W 2011 roku piłkarz powrócił do rodzimego kraju podpisując kontrakt z klubem Vasco da Gama, gdzie występował w Campeonato Brasileiro Série A. Po roku gry w ojczyźnie przeniósł się do Stanów Zjednoczonych gdzie reprezentował barwy New York Red Bulls.