Wojna Obronna 1939 i okupacja niemiecka W czasie agresji niemieckiej i słowackiej (od 1 września 1939) oraz Związku Radzieckiego (od 17 września 1939) uczestniczył w walkach przeciw Wehrmachtowi i Armii Czerwonej. Do niewoli niemieckiej trafił 2 października 1939 pod Dęblinem. Przetrzymywany był w ciężkich warunkach w Radomiu i Częstochowie. Ucieczka z obozu powiodła się i wrócił do domu, w przeciwieństwie do brata Wacława internowanego w węgierskim obozie w Esztergom-Tabor. W czasie okupacji niemieckiej należał kolejno do następujących organizacji ruchu oporu: Narodowej Organizacji Wojskowej, Armii Krajowej i Narodowych Sił Zbrojnych.
Polska Ludowa Ponieważ Piotr Kosobudzki uważał, że Polska została zdradzona przez zachodnich aliantów i sprzedana Związkowi Radzieckiemu postanowił nie składać broni i walczyć o odzyskanie niepodległości. Już w 1946 został aresztowany i 13 lipca został skazany na 2 lata więzienia. Karę odbywał w więzieniu we Wronkach. W czasie transportu z Wronek do Łodzi, co miało miejsce 19 marca 1947, udało mu się uciec, wyskakując z jadącego pociągu. Ponieważ z okresu okupacji pozostały mu dwie fałszywe kenkarty postanowił ukrywać się pod nazwiskiem Stanisław Przybylski. W latach 1947–1950 mieszkał w Elblągu i Szczecinie pracując na utrzymanie jako szklarz.