Okupacja zastała Marię w Warszawie i już we wrześniu 1939 zaczęła nawiązywać kontakty z członkami Komunistycznej Partii Polski. Nawiązała także kontakty z Gwardia Ludową i zaczęła z nimi współpracować. Według oświadczenia własnego z 1998, w 1943 złożyła przyrzeczenie na ręce Ryszarda Suskiego ps. „Żarłok”, który pełnił obowiązki dowódcy grupy Milicji Ludowej RPPS i rozpoczęła działalność w organizacji. W 1943 zamieszkała razem z malutkim dzieckiem, jako lokatorka, w lokalu konspiracyjnym w pensjonacie „Wanda” znajdującym się w Józefowie pod Warszawą. Była zamężna z Zygmuntem Jedynakiem i w ich mieszkaniu zorganizowała skrytkę na broń, a także bezpieczny pobyt współdziałaczy z partii. W tymże roku jej męża aresztowano i wywieziono do Oświęcimia i tam go zamordowano. Od 1 stycznia 1944, w stopniu podporucznika, miała przydział do oddziału specjalnego III Brygady PAL, którym dowodził major „Tom”.
Brała udział w Powstaniu warszawskim, a w pierwszych dniach sierpnia na rozkaz mjr. „Toma” została przeniesiona do Pruszkowa, gdzie organizowała pomoc dla powstańców, którzy opuszczali Warszawę.