Chorwaci stanowili też największą część załóg marynarki zarówno Austro-Węgier, jak i Jugosławii.
W okresie II wojny światowej powstało marionetkowe faszystowskie Niepodległe Państwo Chorwackie, sprzymierzone z państwami Osi, które utworzyło w kwietniu 1941 roku Marynarkę Chorwacką (Hrvatska mornarica). Jej wyposażenie stanowiły niewielkie przybrzeżne jednostki patrolowe oraz okręty rzeczne na Dunaju i Sawie. Dopiero od końca 1943 roku otrzymała większe jednostki dawnej marynarki jugosłowiańskiej. 1 stycznia 1945 roku Marynarka Chorwacka została zlikwidowana przez Niemców. Koniec wojny przyniósł kres Niepodległego Państwa Chorwackiego, a Chorwacja nadal była częścią Jugosławii. Stan ten trwał do rozpadu Jugosławii i ogłoszenia niepodległości przez Chorwację w lipcu 1991 roku..