W 1997 opracowano pierwszy Statut Klubu Generałów WP, a 1999 nową wersję, która obowiązywała do 2021, po czym została zmieniona w związku z reorganizacją Klubu oraz zmianą jego nazwy. 7 września 1998 na prezesa Klubu wybrano gen. dyw. Mieczysława Dębickiego, a 19 marca 2001 prezesem został gen. dyw. Roman Misztal. Od czerwca 2001 do września 2004 prezesem był gen. dyw. Mieczysław Dachowski. 6 kwietnia 2004 Klub podpisał porozumienie o współpracy z Ministrem Obrony Narodowej, wraz z aneksem do tej umowy podpisanym 15 września 2005. Od września 2004 prezesem był gen. dyw. Franciszek Puchała, wiceprezesami Rada Główna Klubu Generałów WP wybrała gen. broni Zbigniewa Zalewskiego i gen. dyw. Zdzisława Graczyka. 21 stycznia 2005 Klub został wpisany do Krajowego Rejestru Sądowego (pod numerem 0000225889). 24 listopada 2004 na posiedzeniu plenarnym omówiono i zaakceptowano podstawowe dokumenty i treści działalności Klubu w latach 2005–2007. W styczniu 2005 Klub odbył wizytę studyjną w AON i Departamencie Kadr i Szkolnictwa.