Przede wszystkim jednak nastąpił podział na sektory: cywilny i wojskowy. W sektorze cywilnym panował cesarz ze starym aparatem władzy. W imieniu cesarza rządzili sesshō lub kampaku, przewodnicząc Wielkiej Radzie Stanu (Daijō-kan) o znacznie zawężonej skali działania. Obok dworu cesarskiego istniała instytucja ex-cesarzy działających poprzez swój urząd o nazwie In-no-ChōPo śmierci cesarza Go-Shirakawy instytucja ta straciła znaczenie..
Natomiast w sektorze wojskowym na szczycie władzy stał siogun, który inwestyturę otrzymywał od cesarza. Za życia Yoritomo Minamoto był to najważniejszy urząd, ale od momentu nominacji Sanetomo (miał wówczas 11 lat) siogunat/bakufu stał się fasadą. W jego imieniu działała rada regencyjna.
W 1221 roku wybuchły zamieszki ery Jōkyū pomiędzy cesarzem Go-Toba a rodem Hōjō, który cesarz usiłował obalić. Głównym polem bitwy było miasto Uji na przedmieściach Kioto. Stolica została zdobyta przez wojska sioguna, a dwór cesarski znalazł się pod bezpośrednią kontrolą bakufu. Od tamtej pory żadne posunięcie Kioto nie mogło się obyć bez zatwierdzenia go przez Kamakurę. W mieście utworzono urząd i stanowisko o nazwie Rokuhara-tandai, zorganizowane identycznie, jak Kamakura-bakufu, z pełnią władzy nad zachodnią Japonią, w tym m.in. odpowiedzialną za.: bezpieczeństwo, sądownictwo i negocjacje z dworem cesarskim.