Władze Związku Harcerstwa Polskiego od 1 września 1939 skierowały Halinę do prac pomocniczych w obronie cywilnej jako sanitariuszkę. Kiedy władze Warszawy podpisały akt kapitulacji, w Szpitalu Ujazdowskim pomagała rannym żołnierzom. W grudniu 1940 wyszła za mąż za Wacława Dunina-Karwickiego, który był dowódcą drużyny „CR 200” Grupy Szturmowej Szarych Szeregów w Rejonie 1 Obwodu Armii Krajowej Śródmieście, pełniąc tam funkcję łączniczki. W sierpniu 1943 razem z mężem, a także częścią tej grupy przeszła do Oddziału Dyspozycyjnego Kedywu KG, „Agatu”, w którym jako „Janka”, „Lutowa”, zaczęła dowodzić sekcją łączniczek III plutonu „Agatu”. Na przełomie 1943/1944 ukończyła konspiracyjną szkołę podchorążych „Agricola” uzyskując stopień kaprala podchorążego. 22 lipca 1944 zaczęła pełnić funkcję szefa łączności 3 kompanii batalionu „Parasol”. Była jedną z uczestniczek podczas akcji na Alfreda Milkego (5 października 1943), Antona Hergla (10 grudnia 1943), Władysława Myrchę (15 grudnia 1943), w odbiciu Bronisława Pietraszkiewicza „Lota” po akcji na gen. Franza Kutscherę (1 lutego 1944), na Waltera Stamma (6 maja 1944).