Akwakultura oraz produkcja ryb pozostają głównymi zajęciami miejscowej ludności,. Intensywnie prowadzony wypas i uprawa roli z zastosowaniem nawozów i pestycydów zagrażają kompleksowi.
Stawy rybne, łąki, bagna oraz pozostałości lasów łęgowych na terenie Bardačy są siedliskiem wielu zagrożonych oraz rzadkich gatunków roślin i zwierząt, w tym endemitów.
Flora Bardača jest jednym z nielicznych na Bałkanach i pierwszym odkrytym na terenie Bośni i Hercegowiny stanowiskiem rdestnicy błyszczącej (Potamogeton rutilus). Występują tu relikty trzeciorzędowe, m.in. grzybienie białe (Nymphaea alba), grążel żółty (Nuphar lutea), jezierza morska (Najas marina), żabiściek pływający (Hydrocharis morsus-ranae), nurzaniec śrubowy (Vallisneria spiralis), kotewka orzech wodny (Trapa natans), wywłócznik kłosowy (Myriophyllum spicatum) czy łączeń baldaszkowy (Butomus umbellatus), a ponadto tatarak zwyczajny (Acorus calamus), turzyca błotna (Carex acutiformis), marsylia czterolistna (Marsilea quadrifolia), strzałka wodna (Sagittaria sagittifolia), przylaszczka pospolita (Hepatica nobilis), konwalia majowa (Convallaria majalis), śnieżyczka przebiśnieg (Galanthus nivalis), myszopłoch kolczasty (Ruscus aculeatus), grzybieńczyk wodny (Nymphoides peltata) oraz wolfia bezkorzeniowa (Wolffia arrhiza).