Sezon 2003/2004 i transfer do Liverpoolu Sezon 2003/04 nie był tak udany, jak poprzedni. Alonso ze względu na swoje występy zdobywał w Europie coraz większą sławę, zaś Real Sociedad zakwalifikował się do fazy pucharowej Ligi Mistrzów. Jednak zespół odczuł zmęczenie dużą liczbą spotkań, co spowodowało odpadnięcie z rozgrywek po porażce z Olympique Lyon oraz zakończenie zmagań ligowych na 15. miejscu. Zaczęły pojawiać się głosy, że Alonso po udanych występach i słabym sezonie w wykonaniu zespołu, odejdzie z klubu. Pomimo zainteresowania ze strony Realu Madryt, zawodnik pozostał w Sociedad. Madrycki klub nie chciał zapłacić 13 milionów euro żądanych przez prezesa baskijskiego klubu Jose Luis Astiazarana, w związku z czym transakcja nie doszła do skutku.
Alonso koncentrował się w tym czasie na występach w reprezentacji Hiszpanii na Mistrzostwach Europy 2004. Wszedł jako zmiennik w wygranym 1:0 spotkaniu z Rosją oraz zaliczył pełne 90 minut w meczu z Portugalią. Jednak Alonso został pozbawiony szansy pokazania się w kolejnych meczach, gdyż Hiszpania nie wyszła z grupy, ustępując przyszłym finalistom turnieju, Grecji i Portugalii.