Trybunał ustalił, że chociaż morderstwa uznane za zbrodnie wojenne miały miejsce w tych miejscach, Halilović nie miał uprawnień dowodzenia, będąc jedynie inspektorem, i nie można go uznać za nie odpowiedzialnym. Prokuratura złożyła apelację od wyroku. 16 października 2007 izba apelacyjna odrzuciła apelację prokuratury i utrzymała w mocy wyrok uniewinniający wydany wcześniej przez izbę procesową.
Późniejsza kariera Po zakończeniu wojny, przed postawieniem w stan oskarżenia Halilović był ministrem w rządzie Federacji Bośni i Hercegowiny oraz liderem własnej partii politycznej (Bośniacka Partia Patriotyczna), którą założył w 1996. Był znany z głośnej krytyki prezydenta Aliji Izetbegovicia. W latach 1998–2001 pełnił funkcję Ministra ds. Uchodźców i Wysiedleńców w rządzie Federacji Bośni i Hercegowiny. 1 października 2006 Sefer Halilović został wybrany na czteroletnią kadencję w Zgromadzeniu Parlamentarnym Bośni i Hercegowiny.