Reszta grupy podjęła decyzję o wyrzuceniu go z zespołu i zakończeniu trasy z zastępcami na miejscach perkusisty i klawiszowca.

Wydana w roku 1998 płyta Adore została nagrana przy pomocy zastępczych pałkarzy oraz automatów perkusyjnych w miejsce Chamberlina, a w zawartym na niej materiale widać było wyraźne wpływy muzyki elektronicznej. Gdy zespół nagrywał piosenki na nowy album, Martha, matka Corgana, zmarła na raka, a frontman poświęcił jej piosenkę „For Martha”. Adore spotkała się z przychylnością niektórych fanów i krytyków, ale wielu z nich uważało, że grupa zbyt wyraźnie odeszła od tego, co w jej muzyce było najlepsze i zaowocowało to sprzedażą nieco ponad miliona sztuk albumu, co było bardzo niskim wynikiem w porównaniu do 4,5 miliona sprzedanych egzemplarzy Mellon Collie.

W 1999 roku Chamberlin powrócił do zespołu, a rok później światło dzienne ujrzało kolejne wydawnictwo The Smashing Pumpkins, Machina/The Machines of God. Ponownie spotkał się on z mieszanymi uczuciami fanów i krytyków, rozchodząc się w jeszcze mniejszym nakładzie od poprzednika. Co więcej, pod koniec nagrywania grupę opuściła D’arcy Wretzky.