Życie prywatne Billy Corgan był narzeczonym Courtney Love zanim ta poznała i wyszła za Kurta Cobaina, frontmana Nirvany. W 1993 roku ożenił się ze swoją długoletnią znajomą Chris Fabian„Wedding Bells Chime.” The Confessions of Billy Corgan, 26 maja 2005.. Pojawiły się jednak plotki, jakoby Corgan i Love ponownie nawiązali romans tuż po śmierci Cobaina, podczas festiwalu Lollapalooza w roku 1994, w którym brali udział The Smashing PumpkinsChristina Kelly, „Smashing Pumpkins-The Multi-Platinum Band is over the infighting but can the harmony last?” US Magazine, grudzień 1995.. Artysta od 1995 roku pozostawał ze swoją żoną w stanie separacji, by ostatecznie rozwieść się w 1997. Corgan odmawiał dyskusji na ten temat w wywiadach, podkreślając, że to jedyny temat, na który nie będzie się wypowiadaćCraig Marks, „Zero Worship”, Spin Magazine, czerwiec 1996.. Opisał w końcu nieco szczegółów swojego małżeństwa w swoim blogu w roku 2005.