Sezon ten zakończył z 31 ligowymi występami.
W sierpniu 2008 roku został kapitanem Arsenalu na sezon 2008/2009. W tym sezonie zadebiutował 13 sierpnia w meczu eliminacji Ligi Mistrzów z FC Twente, w tym meczu zdobył także pierwszą bramkę w tym sezonie. Pierwsze trafienie w lidze zaliczył 29 października zdobył w spotkaniu z Tottenhamem Hotspur.
Jego zachowanie jako kapitana drużyny było jednak krytykowane przez wielu publicystów, bloggerów, kibiców, a nawet byłych piłkarzy Arsenalu. Zarzucano mu brak posłuchu wśród pozostałych piłkarzy zespołu, niezrozumiałe zachowania w chwilach kryzysu drużyny, brak zdolności przywódczych. Największa fala krytykiArseblog – Captain Craptastic, Gallas goes too far + Arsecast 101.East Lower – Gallas is in the last-chance saloon.Gunnerblog – 3 months for Walcott; Astonishing Gallas quotes; Silvestre dressed as a gorilla.Goodplaya – Time for Gallas to hand over the armband to Clichy.Goonerholic – Come In Number Ten, Your Time Is Up.