Prowadzi to do terminacji, a więc zatrzymania wydłużania się łańcucha polinukleotydowego. W konsekwencji replikacja zatrzymuje się w połowie nici, właśnie tam gdzie został przyłączony dideoksyanalog. Powstają więc cząsteczki DNA, których sekwencja jest wprawdzie jeszcze nieznana, ale wiadomo, że są niepełnymi, komplementarnymi kopiami pewnego fragmentu badanego DNA, a ich ostatnim nukleotydem jest ddATP.
Podobnie mieszanina reakcyjna typu C zawiera poza dNTP, także ddCTP, mieszanina typu G - dNTP i ddGTP, a roztwór typu T - dNTP i ddTTP, a synteza łańcuchów DNA w tych mieszaninach przerwana gdy polimeraza wbuduje do niego dideoksynukleotyd.
Podobnie w pozostałych trzech wariantach reakcji otrzymuje się produkty mające różną długość, lecz zakończonym innym dideoksyanalogiem. Cztery możliwe warianty reakcji sekwencjonowania to wariant A - prowadzący do otrzymania różnej długości produktów zawsze zakończonych nukleotydem adeninowym, C - wszystkie produkty zakończone nukleotydem cytozynowym i analogicznie warianty dla T - tyminowym oraz G - guaninowym.