Ponadto był członkiem rad i komitetów naukowych Polskiej Akademii Nauk, w tym: Komitetu Nauk Geologicznych, Komitetu Planeta Ziemia, Komitetu Ochrony Przyrody, Komitetu Historii Nauki i Techniki, Rady Upowszechniania Nauki przy Prezesie PAN. Należał także do Polskiego Komitetu Narodowego Międzynarodowej Rady Muzeów (w latach 2002–2008 jako wiceprzewodniczący, a od 2008 członek prezydium), Komisji Kwalifikacyjnej przy Ministerstwie Kultury i Dziedzictwa Narodowego ds. opiniowania wniosków o wpisanie muzeum do Państwowego Rejestru Muzeów (od 1998 – członek, od 2004 – wiceprzewodniczący). W latach 1980–1995 był przewodniczącym Stołecznego Komitetu Ochrony Przyrody, w ramach tej działalności działał na rzecz obejmowania ochroną prawną pomników przyrody.
Był autorem ponad 200 publikacji, w tym książek, studiów monograficznych i artykułów naukowych, a także twórcą wielu wystaw muzealnych, audycji radiowych i telewizyjnych oraz filmów popularnonaukowych.
Jego bratem był prof. dr hab. Andrzej Jakubowski.
Został pochowany na cmentarzu w Grabowie.