Marii Magdaleny, pośrodku gmachu, co miało zapewnić maksymalne bezpieczeństwo dla przybywających do szkoły uczniów.

Wewnętrzny układ budynku zaprojektowany był podobnie jak większość innych tego typu gmachów w tym okresie: od strony dziedzińca znajdowały się ciąg komunikacyjny, a od strony ulicy znajdowały się sale lekcyjne. Zadbano jednak, by od strony ruchliwej ulicy Szewskiej ulokować pomieszczenia, dla których większy hałas nie będzie stanowił utrudnienia; na trzech piętrach od tej strony umieszczono więc obszerne mieszkanie dyrektora, gabinet fizyczny, bibliotekę z salą rysunkową, pokój nauczycielski, pomieszczenia zapasowe i karcer oraz mieszkanie woźnego (na parterze). Prócz tego w szkole zaplanowano piętnaście klas, salę egzaminacyjną i gabinet fizyczny. Wnętrza sal były zaakcentowane pilastrami ozdobionymi szerokimi roślinnymi motywami. Najbardziej reprezentacyjna była aula z bogato dekorowanymi ścianami, pokryta kaskadowym stropem. Wnętrze całego budynku pokryte były neorenesansowymi formami, m.in. ozdobnymi boazeriami, fryzami o motywach roślinnych praz licznymi popiersiami we wnękach i postumentami.

Biblioteka magdaleńska