Pod rządami Habsburgów W 1529 w mieście było 145 kopalń. W 1534 ewangelicy przejęli kościół parafialny. W 1541 Złoty Stok otrzymał prawa wyższego sądownictwa. Wieża kościoła ewangelickiego została skończona w 1545 roku. W tym samym roku zbudowano również nową szkołę ewangelicką. W 1549 w mieście znajdowała się rekordowa ilość kopalń wynosząca 190. Był to okres najszybszego rozwoju miasta oraz czas kiedy wydobywano największą ilość złota (do 140 kg złota rocznie). W 1558 roku po prawej stronie drogi w stronę Kamieńca zostaje zbudowana szubienica dzięki przywilejowi Ernesta Bawarskiego. W 1562 powstało Bractwo strzeleckie. Z czasem górnictwo w Złotym Stoku zaczęło podupadać. O upadku górnictwa można czytać w sprawozdaniu górmistrza i ławników z 1563 roku. W 1565 miała miejsce domniemana katastrofa górnicza w szybie Złoty Osioł. Wkrótce potem do miasta przybył aptekarz Hans Scharffenberg, który z kopalnianych hałd postanowił uzyskiwać arsen i rozwinął produkcję arszeniku. Fuggerowie sprzedali swoje kopalnie i huty zarządzającemu nimi Hansowi Kirchpaurowi. W 1575 roku na szubienicy stracono mężczyznę nazywanego Pachmann, który dopuścić się miał 28 morderstwom.