Geomorfologia, geologia i gleby Obszar rezerwatu ukształtował się podczas zlodowaceń plejstoceńskich. Jest nachylony w kierunku doliny Niemna. Powierzchnia lekko falista, z niewielkimi wzniesieniami (wydmy, moreny i inne), rozcięta licznymi dolinami rzecznymi.
Geologię determinuje istnienie na jego obszarze w plejstocenie jezior przylodowcowych. Do głębokości 100–200 m zalegają plejstoceńskie utwory poglacjalne. Na powierzchni dominują piaski i pyły pochodzenia jeziorno-rzecznego.
Występują tu głównie zbielicowane gleby darniowe, rzadziej gleby darniowo-bielicowe, torfowo–bagienne i bagienne. Występują tu też torfowiska niskie. Nieurodzajność gleb przyczyniła się do zachowania puszczy.
Hydrologia Rezerwat położony jest w zlewisku Niemna. Pokrywa go gęsta sieć rzeczna - płyną tu m.in. Isłocz, Wołka, Berezyna, Izledź i Usa. W granicach rezerwatu znajduje się krasowe jezioro Kromań.
W latach 1969–1977 przeprowadzono tu zakrojone na szeroką skalę prace osuszania gruntów. Całkowita długość sieci melioracyjnej wyniosła 993 km. W dużej mierze nie spełniły one w pełni swojego celu. Ponadto obecnie ok. 90% sieci melioracyjnej jest w złym stanie technicznym. Częściowo jest ona zasiedlona przez bobry.