Służb Specjalnych określił zarzuty RPO za bezpodstawne, nie odnosząc się do samego potencjalnego zakupu Pegasusa przez CBA. W krótkim oświadczeniu CBA zaprzeczyło kupnu „systemu masowej inwigilacji Polaków”. 16 października 2019 w sprawie kupna Pegasusa odbyło się zamknięte posiedzenie sejmowej Komisji ds. Służb Specjalnych. Komisja nie skorzystała z przysługującego jej prawaUchwała Sejmu Rzeczypospolitej Polskiej z dnia 30 lipca 1992 r. Regulamin Sejmu Rzeczypospolitej Polskiej (M. P. z 2019 r., poz. 1028, z późn. zm.) art. 141 ust. 3. do sporządzenia komunikatu dla mediów z posiedzenia.
W 2020 r. dziennikarze „Rzeczypospolitej” ustalili, że system Pegasus był wykorzystany do zatrzymania przez CBA byłego ministra Sławomira Nowaka. Z racji pracy Nowaka w sztabie wyborczym opozycyjnego kandydata na Prezydenta RP Rafała Trzaskowskiego dziennikarze i środowiska opozycyjne zwrócili uwagę na możliwość inwigilacji sztabu Rafała Trzaskowskiego podczas kampanii wyborczej. W odpowiedzi minister koordynator Służb Specjalnych Mariusz Kamiński nie potwierdził wykorzystania Pegasusa i zaprzeczył inwigilacji sztabu opozycji. W lipcu 2021 r., w związku z aferą dotyczącą inwigilacji prezydenta Francji została opublikowana lista stron internetowych potencjalnie wykorzystywanych do rozprzestrzeniania.