Pod koniec lat 90. niezależny animowany film krótkometrażowy zatytułowany The Spirit of Christmas został wyprodukowany za mniej niż 2000 dolarów przez dwóch artystów, Matta Stone’a i Treya Parkera. Film ten był szeroko rozpowszechniany w Internecie w wersji pirackiej, a jego fenomenalna popularność dała początek popularnemu telewizyjnemu serialowi animowanemu South Park. Ograniczona przepustowość łącza w latach 90. utrudniała, a nawet uniemożliwiała streaming. Podczas gdy niektórzy animatorzy, tacy jak John K. ze Spümcø, zdecydowali się na użycie Flasha, nadal wymagało to wtyczki, co uniemożliwiało wyświetlanie w wielu wczesnych przeglądarkach internetowych. Inni wcześni animatorzy online, tacy jak M. Wartella, zdecydowali się użyć animowanego GIF-a, aby przezwyciężyć te ograniczenia i stworzyć wczesną animację internetową widoczną we wszystkich przeglądarkach.
Niezależna animacja w 2000 roku obejmowała animowane filmy fabularne, takie jak Sita Sings The Blues Niny Paley, animowane filmy fabularne Czerwony Kapturek – prawdziwa historia i Krowy na wypasie oraz pierwszy animowany film reżysera Wesa Andersona – jego adaptacja poklatkowa Fantastycznego Pana Lisa Rolanda Dahla z 2009 roku.