W rewanżu w Brugii Jagiellonia przegrała 0:2, ale w dwumeczu zwyciężyła 3:2 i awansowała do ćwierćfinału. Ostatecznie Jagiellonia zakończyła swój udział w Lidze Konferencji UEFA na etapie ćwierćfinału, przegrywając z hiszpańskim Betisem Sewilla 0:2 na wyjeździe oraz remisując 1:1 w rewanżu, rozegranym przy pełnych trybunach w Białymstoku.
Afimico Pululu, zdobył tytuł króla strzelców Ligi Konferencji Europy w sezonie 2024/2025. W trakcie rozgrywek strzelił 8 goli, co pozwoliło mu wyprzedzić takich zawodników jak Marc Guiu z Chelsea oraz Krzysztof Piątek z İstanbul Başakşehir.https://www.polsatsport.pl/wiadomosc/2025-02-13/napastnik-jagiellonii-bialystok-najlepszym-strzelcem-ligi-konferencji/?utm_source=chatgpt.com
Superpuchar
Mecz o Superpuchar Polski, został przełożony z powodu udziału Wisły Kraków i Jagiellonii Białystok w eliminacjach do europejskich rozgrywek. Ostatecznie rozegrano go 4 kwietnia 2025 roku na Stadionie Narodowym w Warszawie. Jagiellonia pokonała Wisłę 1:0 po bramce Miki Villara w 14. minucie, zdobywając tym samym swój drugi w historii Superpuchar Polski. Pierwotnie mecz miał odbyć się w Białymstoku, jednak decyzją PZPN został przeniesiony do Warszawy ze względu na odmowę wpuszczenia kibiców gości.