Pierwsze działania mające na celu uzyskanie zezwolenia, a następnie zbudowanie kościoła w Munxar podjęte zostały pod koniec XIX wieku przez ówczesnego proboszcza w Sannat. 24 marca 1913 trójka rodzeństwa z Munxar podarowała parafii działkę, z myślą o przeznaczeniu jej pod nową świątynię. Plan budynku sporządzony został przez Luigiego Vellę i 2 lutego 1914 rozpoczęto pierwsze prace ziemne. Zdecydowano, że kościół powinien nosić wezwanie św. Pawła Rozbitka. 22 marca 1916 położono kamień węgielny, prace konstrukcyjne prowadzone były pod nadzorem mistrzów Francisca Farrugii i Luigiego Velli. 19 lutego 1921 budowa nowej świątyni została ukończona; jej konsekracji dokonał 18 października 1925 biskup Gozo Mikiel Gonzi.
12 grudnia 1957 biskup Gozo Giuseppe Pace wydał dekret Pro Munere Nostro Pastorali, na mocy którego Munxar zostało oficjalnie uznane za samodzielną parafię, z kościołem św. Pawła jako parafialnym.