Nieprawidłowości z okresu jego rządów w Sankt Petersburgu stały się przedmiotem śledztwa prokuratorskiego w 1997. W listopadzie 1997 Sobczak opuścił kraj i udał się do Paryża na leczenie. We Francji przebywał do 1999. Jego zwolennicy uznawali stawiane mu zarzuty za element walki politycznej. W listopadzie 1999 sprawa przeciwko niemu została umorzona. Uważa się, że za tą decyzją stał Władimir Putin, który w międzyczasie objął stanowisko premiera Federacji Rosyjskiej. Sobczak powrócił do Rosji kilka miesięcy wcześniej, w czerwcu, tuż po objęciu przez Putina funkcji szefa rządu.
W grudniu 1999 bez sukcesu ubiegał się o stanowisko deputowanego Dumy Państwowej. Zmarł 20 lutego 2000 w wyniku ataku serca w sanatorium w Swietłogorsku. Okoliczności jego śmierci stały się wkrótce przedmiotem domysłów i spekulacji.
Dwukrotnie żonaty, w pierwszym i drugim małżeństwie urodziły mu się córki: Maria i Ksenia Sobczak (ur. 1981).
Odznaczenia, wyróżnienia i nagrody Medal Jubileuszowy „300 lat Rosyjskiej Floty” (1996) Order Świętego Aleksandra Newskiego (2002, pośmiertnie) Order Świętego Księcia Daniela Moskiewskiego I klasy Srebrny Order Olimpijski (1995)
Honorowy obywatel m.in.