W 1295 roku odbyła się po 219-letniej przerwie w katedrze gnieźnieńskiej koronacja króla Przemysła II. W 1300 roku koronował się w mieście Wacław II Czeski. Lokacyjne miasto w XIII i XIV w. otaczały mury, a od wschodu fosa. Do miasta wiodły trzy bramy: Poznańska (Tumska), Toruńska i Pyzdrska.
W 1331 roku miasto zajęli Krzyżacy, rabując je i niszcząc. Odbudowę i rozwój gospodarczy miasto zawdzięcza Kazimierzowi Wielkiemu. Za panowania Władysława Jagiełły (1419) dzięki staraniom Mikołaja Trąby, gnieźnieńskim arcybiskupom przyznano tytuł prymasa Polski oraz zastrzeżono dla nich purpurę kardynalską, dzięki czemu Gniezno umocniło swoją pozycję jako polska „stolica” chrześcijaństwa. Gniezno było drugim po Krakowie ośrodkiem polskiej kultury, szczególnie muzycznej. Działała tu także założona w XI w. szkoła katedralna, mająca początkowo status wyższej uczelni – kształcił się w niej m.in. św. Stanisław – w czasach swej świetności porównywana z Akademią Krakowską. W czasie wojny trzynastoletniej Gniezno wystawiło w 1458 roku 20 pieszych na odsiecz oblężonej polskiej załogi Zamku w Malborku. W 1518 roku prymas Jan Łaski zbudował nad Jeziorem Jelonek murowany zamek.