Oskarżenia i procesy sądowe W 1997 holenderski rząd wydał międzynarodowy nakaz aresztowania wobec Bouterse, oskarżając go o przemyt ponad 2 ton kokainy do Holandii w latach 1989-1997. Surinam odmówił jednak jego ekstradycji. W 1999 holenderski sąd skazał go zaocznie na karę 11 lat pozbawienia wolności za przemyt narkotyków. Ciążący na nim wyrok i nakaz aresztowania uniemożliwił mu w dużym stopniu opuszczanie kraju.
Jesienią 2000 surinamska prokuratura wszczęła dochodzenie w sprawie „morderstw grudniowych” z 1982. Bouterse był głównym podejrzanym o wydanie rozkazu dokonania zabójstwa. Stanowczo zaprzeczał swojej bezpośredniej odpowiedzialności, argumentując, że nie był obecny w forcie w czasie dokonywania egzekucji. Zaakceptował wyłącznie odpowiedzialność polityczną za wydarzenia. 30 listopada 2007 rozpoczął się proces 25 oskarżonych o zaangażowanie w morderstwa, z Bouterse jako głównym z nich. Grozi mu kara do 20 lat pozbawienia wolności. Zdaniem części komentatorów ubieganie się przez niego o urząd prezydenta w 2010 w pewnym stopniu spowodowane było zamiarem uniknięcia odpowiedzialności karnej.