W 1851 Debono zaczął służyć egipskiemu gubernatorowi Sudanu i przyjął imię Latif Effendi. Osiągnął znaczne zyski z handlu kością słoniową, zatrudniał około 400 ludzi jako tragarzy i przewoźników. W tym czasie rozpoczął także eksplorację Nilu i jako pierwszy Europejczyk zbadał rzekę Sobat, dopływ Białego Nilu, docierając do katarakt poza . W kwietniu 1853 dotarł do bystrza Djiamoudj, zdobywając wiedzę o Jeziorze Alberta i rzece Semliki. W latach 1854–1855 wraz z żoną, synem, a później agentem Philippe Terranuovą odbył 300-milową (480 km) podróż do ujścia Sobatu. W pewnym momencie ich łodzie zostały uziemione na sześć miesięcy ze względu na porę suchą, podróżnicy doświadczyli też zagrożenia ze strony wrogo nastawionych tubylców.
W latach 1855–1856 Debono był brytyjskim agentem konsularnym w Chartumie. W 1859 ponownie odwiedził Gondokoro w towarzystwie włoskiego odkrywcy , a trzy lata później opublikował książkę o swoich podróżach. Brytyjski eksplorer i naturalista Samuel Baker napisał: „Ludzie de Bono to najgorsi ze wszystkich, którzy całkowicie zniszczyli kraj” ().