W 1799 brał udział w wyprawie do Syrii i był odpowiedzialny za różne prace w Gazie i Arisz. W dniu 5 lutego 1801 został mianowany przez generała Menou szefem brygady. Rangę tę potwierdzono we Francji 7 lutego 1802. 11 grudnia tego samego roku został dyrektorem fortyfikacji.
W 1803 wstąpił do Armée d'Angleterre podczas . 11 grudnia 1803 został kawalerem, a 14 czerwca 1804 oficerem Legii Honorowej. W latach 1803–1805 pracował jako inżynier w Brugii, Ostendzie i Ambleteuse.
30 sierpnia 1805 Tousard został przydzielony do 3. korpusu Wielkiej Armii jako dowódca inżynierii, zaś 7 października 1805 został na krótko wzięty do niewoli w Neuburgu. W latach 1806 i 1807 brał udział w kampaniach w Prusach i Polsce, m.in. w bitwach pod Jeną, Eylau, Heilsbergiem i Frydlandem.
Awansował do stopnia generała brygady 5 lipca 1807, w latach 1808–1809 kontynuował dowodzenie inżynierią 3 korpusu stacjonującego w Księstwie Warszawskim. 16 września 1808 został baronem Cesarstwa. 3 czerwca 1809 podczas naprawy mostu w Linzu Tousard został ciężko ranny.