Sala „Via Dolorosa” oferuje multimedialną prezentację, która w ciągu 15 minut pozwala prześledzić ponad 2000 lat historii Jerozolimy, a jej akcja rozgrywa się na obszarze archeologicznym tradycyjnie określanym jako Twierdza Antonia i Pretorium Piłata.

„Skrzydło Sallera”, nazwane na cześć ojca Sylwestra Sallera OFM, archeologa i pierwszego dyrektora muzeum przy Sanktuarium Biczowania, oferuje muzeograficzną podróż skupioną na życiu Jezusa Chrystusa, prezentującą eksponaty od Nazaretu po Grób Święty w Jerozolimie. Zawiera także zbiór znalezisk archeologicznych od epoki brązu po okres krzyżowców.

„Skrzydło Corbo”, poświęcone franciszkańskiemu uczonemu i archeologowi, ojcu Virgiliowi Corbie OFM, poświęcone jest instytucjom politycznym i życiu codziennemu w okresie Nowego Testamentu, a także wczesnemu ruchowi monastycznemu w Ziemi Świętej. Na pierwszym piętrze znajdują się także inskrypcje, bizantyjskie lampy oliwne, eksponaty z brązu czy szkła, kolekcja egipska i eksponaty sztuki chrześcijańskiej, żydowskiej i islamskiej.