Po nagłej, przedwczesnej śmierci proboszcza elbląskiego Roberta Hoppego w trakcie odprawiania mszy św., należało pilnie obsadzić tę ważną placówkę. Władza zgodziła się po pertraktacjach na kandydaturę ks. Wagnera, który został wprowadzony do nowej parafii św. Mikołaja w Elblągu 8 lutego 1881 roku. W Elblągu otrzymał ponadto nominację na inspektora szkolnego lekcji religii, włączając w ten zakres również kolonię Pangritz. 27 kwietnia zatwierdzono go również na stanowisku wykładowcy w szkole nauczycielskiej. Gdy w kolejnych latach słabła polityka kulturkampfu, ks. Wagner rozszerzał swoją działalność społeczną. Zorganizował w Elblągu stowarzyszenie dobroczynne św. Elżbiety. Ażeby młodzi chłopcy pracujący u protestanckich właścicieli zakładów nie stawali się podatni na osłabnięcie czy wręcz odejście od katolicyzmu, utworzył w 1883 w Elblągu Związek Czeladników (Gesellenverein). W tym samym roku zakupił w dzielnicy Pangritz, na wzgórzu zwanym Nowy Świat (Neue Welt) działkę wraz ze starą karczmą, która po remoncie miała zostać zaadaptowana na kaplicę do sprawowania nabożeństw.