Jednakże wyniki analizy wariancji molekularnej i wskaźnika fiksacji sparowanych okazów muzealnych lamparta afrykańskiego pokazują różnice w locus ND-5 obejmującym pięć głównych haplogrup, a mianowicie w Afryce Środkowo-Południowej, Afryce Południowej, Afryce Zachodniej, przybrzeżnej Afryce Zachodnio-Środkowej i Afryki Środkowo-Wschodniej. W niektórych przypadkach wskaźniki fiksacji wykazywały większe zróżnicowanie niż w przypadku lamparta arabskiego i lamparta anatolijskiego w Azji.
Budowa Lampart afrykański wykazuje duże zróżnicowanie koloru sierści, w zależności od lokalizacji i siedliska. Kolor sierści waha się od bladożółtego do głęboko złotego lub płowego, a czasem czarnego, grzbiet jest ozdobiony czarnymi rozetami, podczas gdy głowa, kończyny dolne i brzuch są jednolicie czarne. U lamparta afrykańskiego występuje dymorfizm płciowy; samce są większe i cięższe od samic. Samce ważą średnio 58 kg, z maksymalną masą 90 kg osiągniętą przez samca. Samice ważą około średnio 37,5 kg.