Staraniem Apolinarego Skrodzkiego, ówczesnego inspektora szkolnego w Braniewie, budowa szkoły została ujęta w planie budowy szkół tysiąclecia na rok 1963Jubileusz braniewskiej „Trójki” [w:] IKAT. Ilustrowany Kurier Terenowy, 27.09–03.10.1995 r., s. 2.
Biorąc pod uwagę plany rozwoju miasta, na lokalizację szkoły wybrano miejsce pomiędzy placem Grunwaldu i ulicą PCK. Pierwotnie główne wejście do budynku projektowane było od strony placu Grunwaldu, w czasie budowy, ze względu na trudności związane z zagospodarowaniem terenu, zmieniono plany i wejście główne ustanowiono od strony ulicy PCK (wówczas ulicy Krzyżowej).
Prace budowlane rozpoczęły się 18 września 1963, ich wykonawcą było Olsztyńskie Przedsiębiorstwo Budownictwa Przemysłowego. Wówczas jego głównym zleceniem była odbudowa Browaru przy ul. Morskiej, zaś budowa szkoły była przy tym zadaniem dodatkowym. Do budowy obiektu szkoły wykorzystywano także między innymi więźniów pobliskiego zakładu karnego oraz żołnierzy braniewskich jednostek, a zwłaszcza z Jednostki Wojskowej 1763 (wówczas 14 Pułk Czołgów) usytuowanej w pobliżu budowanej szkoły.