Wojska wirtemberskie zajęły opactwo podczas wojny trzydziestoletniej, a mnisi uciekli do innych klasztorów w rejonie Jeziora Bodeńskiego, do Zwiefalten powrócili po I bitwie pod Nördlingen dwa lata później.
W XVII wieku rozpoczęto barokową przebudowę kompleksu – w latach 1668–1673 przebudowano zachodnie skrzydło i szkołę, w latach 1684–1686 wzniesiono skrzydło wschodnie autorstwa Heinricha Mayera i , a w latach 1693–1700 – skrzydło północne. Prace wstrzymał wybuch wojny o sukcesję hiszpańską, wznowiono je w 1739 rozpoczęciem przebudowy kościoła klasztornego, która trwała do roku 1753 wg projektu Johanna Michaela Fischera i . W 1750 opactwo zostało bezpośrednio uzależnione od władz cesarskich w zamian za drobne ustępstwa na rzecz władz Wirtembergii. W następnym roku zakonnicy otrzymali przywilej zasiadania na tzw. na Sejmie Rzeszy.
9 września 1802, podczas wojen napoleońskich, opactwo zajęły wojska Wirtembergii. Elektor Fryderyk I wyprzedał majątek klasztorny, a ruchome kosztowności sprowadził do Stuttgartu. 25 lutego 1803 placówkę oficjalnie poddano kasacie. W 1811 dawne zabudowania klasztorne przekształcono siedzibę szpitala psychiatrycznego, w następnym roku sprowadzono tu 46 pacjentów z Ludwigsburga.