Studiował wówczas teologię chrześcijańską i judaizm, a także zapoznał się z pakistańskim filozofem Fazlurem Rahmanem. W 1961 Rahman zorganizował dla al-Faruqi dwuletni pobyt w Centralnym Instytucie Badań Islamskich w Karaczi w Pakistanie, aby zapoznał się z różnorodnymi kulturami muzułmańskimi. Al-Faruqi pracował tam jako profesor wizytujący od 1961 do 1963Essential Writings: Ismail Al Faruqi. Edited by Imtiyaz Yusuf, IBT Books, 2021, p. 4..
W 1964 Al-Faruqi wrócił do Stanów Zjednoczonych i pracował jako profesor wizytujący w Szkole Teologii Uniwersytetu w Chicago oraz jako profesor nadzwyczajny na Uniwersytecie Syracuse. W 1968 dołączył do Temple University jako profesor religii, gdzie założył program studiów islamskich i pełnił tę funkcję do swojej śmierci w 1986Fletcher, Charles. Muslim-Christian Engagement in the Twentieth Century: The Principles of Inter-faith Dialogue and the Work of Ismail Al-Faruqi. I.B.Tauris, 2014.. Podczas swojego pobytu na Temple University, al-Faruqi był mentorem wielu studentów, w tym swojego pierwszego doktoranta, Johna EspositoQuraishi, M. Tariq. Ismail al-Faruqi: An Enduring Legacy. MSA Publications, 1986, p. 9."Editorial." The American Journal of Islamic Social Sciences, vol. 28, no. 3, 2011, pp.