Jesienią 1992 zbór dokonał zakupu od miasta pomieszczeń w dawnym domu parafialnym przy byłym kościele ewangelickim we Fromborku przy ul. Elbląskiej 5. Po przeprowadzonym remoncie siedziba zboru została otwarta 8 listopada 1992 podczas odbywającego się wówczas nabożeństwa, na którym poza przedstawicielami kościoła gościli również członkowie władz miejskich. Dokonano także wówczas wprowadzenia w urząd pastora zboru Wojciecha Gajewskiego, który uprzednio 22 lutego 1999 przyjął ordynację na prezbitera.
Od 1993 rozpoczęły się zajęcia dwustopniowego katechumenatu. Powstały wówczas także stanowiska dwóch diakonów zborowych, na które wybory przeprowadzone zostały 26 września 1993. W 1993 zainaugurowano ponadto działalność dwóch grup domowych. Jedna z nich prowadziła spotkania w Braniewie, a jej liderem został diakon Arkadiusz Sobasz. W 1993 rozpoczęła też funkcjonowanie grupa młodzieżowa, której liderem został diakon Sobasz.
Wspólnie ze zborem w Kwidzynie w latach 1994–1996 zorganizowano wspólny trójroczny cykl rekolekcji, co doprowadziło do zacieśnienia relacji między tymi dwoma wspólnotami.
W 1995 na bazie grupy domowej działającej w Braniewie została tam powołana filia zboru.