Centrum prezentuje zarówno wystawy stałe, jak i czasowe. Trzy wystawy stałe poświęcone są sztuce komiksu, tworzeniu gier wideo oraz historii kultury gier w Polsce. Od 2023 roku w Centrum odbyło się kilka wystaw czasowych, poświęconych twórczości takich artystów jak Tadeusz Baranowski, Grzegorz Rosiński i Przemysław Truściński. W 2025 roku Centrum Komiksu zostało nominowane w plebiscycie „Cuda Polski” organizowanym przez National Geographic Traveler.
Wystawy stałe Dwie główne wystawy stałe poświęcone są sztuce komiksowej i tworzeniu gier wideo. Wystawa komiksowa pozwala odwiedzającym poznać proces powstawania komiksów oraz historię komiksu w Polsce. Wystawa poświęcona tworzeniu gier prezentuje proces powstawania współczesnych gier komputerowych. Wystawy wykorzystują interaktywne instalacje multimedialne oraz nagrania wywiadów z naukowcami i twórcami. W strefie gier retro zwiedzający mogą grać na automatach i starych komputerach, takich jak Commodore 64, Amiga i 8-bitowe Atari.
Anatomia Komiksu Wystawa „Anatomia Komiksu” jest podzielona na sekcje tematyczne, które prezentują strukturę, proces produkcji, historię i kontekst kulturowy komiksu, ze szczególnym uwzględnieniem polskiej sztuki komiksowej.