Pracę w UMK (oraz po przejściu na emeryturę) łączył z pracą na stanowiskach profesora w niepublicznych uczelniach: Kaszubsko-Pomorskiej Szkole Wyższej w Wejherowie (na Wydziale Społeczno-Przyrodniczym w Katedrze Socjologii, 2003-2014) oraz Wyższej Szkole Administracji w Bielsku-Białej (2015–2016).
Do najważniejszych publikacji naukowych Wiśniewskiego z tego okresu należy zaliczyć: Możliwość probabilizmu etycznego. Studium metaetyczne ewolucji empiryzmu w etyce polskiej (1992) – monografia habilitacyjna; Probabilizm etyczny (1999) – artykuł w „Przeglądzie Filozoficznym – Nowej Serii” korespondujący z rozprawą habilitacyjną; Historia filozofii i etyki do współczesności. Źródła i komentarze (wraz z W. Tyburskim i A. Wachowiakiem, 2002, różne wersje i wydania) - skrypt akademicki; Dobro: moralność, szczęście i piękno. Studium aksjologii Władysława Tatarkiewicza (2013) – monografia podoktorska; oraz jako (współ)redaktor i współautor prac zbiorowych: Wybrane pojęcia i problemy etyki (1984) – encyklopedia etyczna; Studia z dziejów filozofii zła (1999); Polska filozofia analityczna. W kręgu Szkoły Lwowsko-Warszawskiej (1999);