Architektura Kościół ma formę trójnawowej bazyliki. Korpus nawowy i transept są późnoromańskie, a prezbiterium z absydą – gotyckie. Południowe ramię transeptu jest krótsze niż północne – jego długość jest podyktowana położeniem przy skarpie oraz na fundamentach rzymskiego fortu. Jedno przęsło nawy głównej odpowiada dwóm przęsłom naw bocznych. Arkady naw są ostrołukowe, a otwory okienne romańskiej części wieńczą łuki pełne. Dwie wieże dostawiono do ścian prezbiterium.
Wyposażenie Fresk Sąd Ostateczny wykonał w latach 1488–1491 Martin Schongauer. Wnętrze zdobi również relikwiarz autorstwa Petera Berlina z 1496 z kośćmi śś. Gerwazego i Protazego.
W prezbiterium ustawiono drewniany ołtarz szafiasty z lat 1523–1526, sygnowany inicjałami H.L. Według legendy został on wykonany przez Hansa Liefrinka, który chciał wyjść za córkę miejskiego radnego Ruffachera. Warunkiem było wybudowanie ołtarza wyższego, niż sam kościół. Artysta rozwiązał ten problem, wykrzywiając jego iglicę w kierunku nawy, inspirując się napotkaną wygiętą różą. Predellę zdobią figury ewangelistów, w centralnym polu ołtarza ulokowano scenę koronacji Matki Bożej. W prawym skrzydle umiejscowiono figury śś. Szczepana i Wawrzyńca, a w lewym – Gerwazego i Protazego. Pod iglicą ustawiono rzeźbę Świętej Anny Samotrzeciej w otoczeniu śś.