Od 2005 roku sprawował funkcję Kierownika Zakładu Fizyki i Badań Strukturalnych w Instytucie Inżynierii Tekstyliów i Materiałów Polimerowych ATH. W kadencjach 2008-2012 i 2012-2016 pełnił funkcję prodziekana ds. nauki na Wydziale Inżynierii Materiałów, Budownictw i Środowiska ATH. W latach 2007-2020 był członkiem Komitetu Nauki o Materiałach Polskiej Akademii Nauk a w latach 2011-2020 członkiem Komitetu Krystalografii Polskiej Akademii Nauk. Od 2010 roku był Przewodniczącym Komitetu Organizacyjnego Międzynarodowej Konferencji Naukowej, X-Ray Investigations of Polymer Structure (XIPS).
Profesor Stanisław Rabiej zajmował się badaniem polimerów metodami małokątowego i szerokokątowego rozpraszania promieniowania rentgenowskiego (SAXS i WAXS) oraz zastosowaniem tych metod w badaniach struktury i przemian fazowych w materiałach polimerowych w czasie rzeczywistym z wykorzystaniem promieniowania synchrotronowego. Wyniki jego badań opublikowane zostały w 4 monografiach oraz kilkudziesięciu (ok. 90) publikacjach naukowych w polskich i zagranicznych czasopismach.