W odróżnieniu od Husaka, który mimo ciężkiego śledztwa nigdy nie przyznał się do stawianych mu zmyślonych zarzutów, Novomeský, również wielokrotnie pobity w śledztwie, przyznał się do winy i obciążył zeznaniami innych działaczy, w tym sądzonego w innym procesie pokazowym Vladimira Clementisa, swojego dawnego przyjaciela. W 1955 roku Novomeský został warunkowo zwolniony, zaś w 1963 roku całkowicie zrehabilitowany. Pracował w Bratysławie w muzeum literatury słowackiej (Památník národního písemnictví) do 1962 roku. Następnie otrzymał stanowisko w Słowackiej Akademii Nauk, w Instytucie Literatury Słowackiej. W 1963 roku ukazał się jego poemat Vila Tereza i utwór Do mesta 30 minút.
W 1968 roku po stłumieniu praskiej wiosny, na początku okresu tzw. normalizacji, wszedł do Prezydium Komunistycznej Partii Czechosłowacji i ponownie stanął na czele Macierzy Słowackiej. Dwa lata później zrezygnował z działalności politycznej z powodu pogarszającego się stanu zdrowia, w szczególności przebytego udaru mózgu. Zmarł w 1976 roku
Wybór jego publicystyki został opublikowany w języku polskim w 1974 roku pod tytułem Zmagania. Sześć lat wcześniej po polsku opublikowane zostały fragmenty tomu Romboid.