Zmienność Gatunek zróżnicowany na 10 podgatunków: Dactylorhiza maculata subsp. battandieri (Raynaud) H.Baumann & Künkele – występuje w północnej Algierii Dactylorhiza maculata subsp. caramulensis Verm. – rośnie w Portugalii, Hiszpanii i Francji Dactylorhiza maculata subsp. elodes (Griseb.) Soó – występuje w Europie Dactylorhiza maculata subsp. ericetorum (E.F.Linton) P.F.Hunt & Summerh. – rośnie w zachodniej Europie Dactylorhiza maculata subsp. islandica (Á.Löve & D.Löve) Soó – występuje na Islandii Dactylorhiza maculata subsp. maculata – rośnie w całym zasięgu gatunku Dactylorhiza maculata subsp. podesta (Landwehr) Kreutz – występuje w Holandii Dactylorhiza maculata subsp. savogiensis (D.Tyteca & Gathoye) Kreutz – rośnie w Pirenejach i Alpach Dactylorhiza maculata subsp. schurii (Klinge) Soó – występuje w Karpatach ukraińskich i rumuńskich Dactylorhiza maculata subsp. transsilvanica (Schur) Soó – rośnie w południowo-wschodniej Europie
Zagrożenia i ochrona Od 2014 roku roślina jest objęta w Polsce częściową ochroną gatunkową. W latach 1983–2014 gatunek znajdował się pod ochroną ścisłą.
Na Czerwonej liście roślin i grzybów Polski z 2006 kukułka plamista była umieszczona w grupie gatunków narażonych na wyginięcie (kategoria zagrożenia V).