Początkowo, bezpośrednio po wojnie, poważnie rozważano jego rozbiórkę. Pomysł ten wydawał się tym bardziej uzasadniony, że w tym czasie praktycznie całe Gajowice, jak i sąsiadujące z nimi osiedla Dworek i Południe zamienione były w morze ruin i tylko nieliczne z tutejszych budynków nadawały się do zamieszkania. Nie odczuwało się więc potrzeby odbudowywania kościoła, skoro jeszcze w 1952 roku oceniano, że w granicach parafii mieszka jedynie 200 wiernych. Przez pierwsze lata po wojnie resztki wyposażenia były systematycznie szabrowane i dewastowane; władze kościelne także zezwoliły wrocławskim księżom na demontaż wyposażenia w celu przeniesienia do innych obiektów sakralnych na terenie miasta. Przez pewien czas rozważano możliwość urządzenia tu kościoła garnizonowego (w pobliżu znajdują się do dziś obiekty koszarowe i sztabowe), wreszcie w 1947 odbudowę podjęli franciszkanie; w roku 1950 wznowiono tu (początkowo w bocznej kaplicy) nabożeństwa, w 1951 zakończono naprawę dachu, oszklono okna, wyremontowano wieżę główną i dwie boczne. W latach 1985–1987 przeprowadzono kolejny duży remont, zaopatrując dach i wieże w pokrycie z blachy miedzianej.