Kariera trenerska Po zakończeniu kariery zawodniczej, w 1991 Schäfer został asystentem trenera Kenta Karlssona w Lyngby. W 1992 doprowadzili zespół do mistrzostwa Danii. W tym samym roku Schäfer został głównym trenerem Lyngby. Tę funkcję pełnił do lata 1995, kiedy przeszedł do FC Kopenhaga. Pierwotnie miał pracować w tym zespole przez pół roku, ponieważ wcześniej podpisał obowiązujący od początku 1996 kontrakt z Akademisk BK, jednak we wrześniu 1995 został zwolniony z umowy z „Akademikerne”. Ostatecznie Schäfer trenował FC Kopenhagę do lata 1996, kiedy trafił do Ølstykke FC. W 1998 spadł z zespołem z 1. division. Po spadku opuścił Ølstykke. Następnie w latach 1998–2001 był pierwszym trenerem Fremad Amager. Z tego klubu również odszedł po spadku do trzeciej ligi duńskiej. Później trenował BK Avarta (2002–2005), Boldklubben af 1893 (2006–2007) oraz był asystentem Flemminga Christensena w Akademisk BK (2007–2010).
Upamiętnienie W 2023 imieniem Michaela Schäfera została nazwana główna zachodnia trybuna Lyngby Stadion.
Przypisy