Dzieła Swoje doświadczenia jako inkwizytor opisał w Practica Inquisitionis Haereticae Pravitatis, podręczniku inkwizycji. Książka zawiera informacje o herezjach i heretykach (w rozumieniu średniowiecznym) oraz sposobach ich przesłuchań: Katarach (z własną interpretacją Consolamentum), Waldensach, tzw. fałszywych apostołach, Beginkach, Żydach, czarodziejach i nekromantach.
W 1692 roku jego rękopis zawierający spis wydanych przez niego wyroków starannie przepisał z ocalonego manuskryptu i wydał po łacinie jako pt. Liber Sententiarum Inquisitionis Tolosanae remonstrancki pastor i teolog Filip van Limborch.
Bernard Gui był także historykiem i dziejopisarzem. W 1304 ukończył historię swojego zakonu, którą następnie przedstawił władzom zakonnym. Napisał też dzieło zatytułowane Flores chronicorum, obejmujące dzieje świata od narodzenia Chrystusa aż do czasów mu współczesnych. Jego Żywoty papieży, wydane drukiem przez Lodovico Antonio Muratoriego, są jednym z najważniejszych źródeł do historii papiestwa w XIII i początkach XIV wieku. Był także autorem pomniejszych dzieł historycznych, hagiograficznych i prawniczych.