Miejsca dla federacji zostały rozdzielane poprzez współczynnik ligowy AFC z sezonu 2023/2024. W edycji 2024/2025 Ligi Mistrzów Two mogą wziąć udział 20 zespołów z 18 federacji piłkarskich zrzeszonych w AFC.
Prawo udziału w rozgrywkach można będzie uzyskać poprzez:
zajęcie odpowiedniego miejsca w tabeli ligowej, odpadnięcie w eliminacjach Ligi Mistrzów AFC Two.
Grupa Zachodnia Lp.FederacjaPunktyFaza grupowaFaza kwalifikacyjna–Zwycięzcy play-offów–201120.06911219.4641317.7611417.6131514.1211612.453179.467185.760194.30801200.813210.630Sri Lanka nie posiada żadnego klubu z licencją na grę w rozgrywkach.220.46501230.090240.000Pakistan nie posiada żadnego klubu z licencją na grę w rozgrywkach.250.000Jemen nie posiada żadnego klubu z licencją na grę w rozgrywkach.Grupa Wschodnia Lp.FederacjaPunktyFaza grupowaFaza kwalifikacyjna1116.117Korea Północna nie posiada żadnego klubu z licencją na grę w rozgrywkach.1215.08310138.287145.455152.800Makau nie posiada żadnego klubu z licencją na grę w rozgrywkach.162.06710171.362180.2501918.428Brunei nie posiada żadnego klubu z licencją na grę w rozgrywkach.1016.824Guam nie posiada żadnego klubu z licencją na grę w rozgrywkach.1116.117Mariany Północne nie posiadają żadnego klubu z licencją na grę w rozgrywkach.1215.083Timor Wschodni nie posiada żadnego klubu z licencją na grę w rozgrywkach.