Status katolików zmienił się po rewolucji francuskiej, w 1809 król Ludwik Bonaparte przywrócił świątynię do kultu religijnego jako kościół katolicki. Po drobnym remoncie w 1811 odprawiono pierwszą mszę. Wieża pozostała jednak własnością miasta. W 1815 hełm wieży został zniszczony przez pożar, w 1828 zastąpiono go miedzianym dachem. W latach 1870–1871 dobudowano dwie nawy boczne, nadając świątyni układ bazylikowy; rozebrano je podczas restauracji z lat 1975–1980. 18 października 1999 papież Jan Paweł II wyniósł kościół do godności bazyliki mniejszej.
Architektura i wyposażenie Świątynia jednonawowa, z transeptem. Reprezentuje styl późnogotycki, wnętrze ma cechy neogotyku. Wieża kościelna, znana jako Peperbus, ma wysokość 75 m. Na wysokości 51 m urządzono taras widokowy, prowadzi na niego 236 stopni schodów. W bazylice znajduje się szkatuła z 1674 ze szczątkami Tomasza à Kempisa, przypuszczalnego autora popularnej książki-poradnika O naśladowaniu Chrystusa. Przy północnej ścianie nawy ustawiono figurę św. Jana Chrzciciela z 1614 roku. Chrzcielnicę zaprojektował w 1871 roku i wyrzeźbił w następnym roku Gerard Brom. Organy ufundowała w 1894 rodzina Heerkensów-van Sonsbeecków, wykonał je warsztat .