W trakcie prac nad przebudową budynku i dostosowaniem go do potrzeb muzeum (plany zakładały m.in. podniesienie dachu oraz dobudowanie przyziemia) powstała koncepcja częściowego udostępnienia magazynów i pracowni szerszej publiczności. Ostatecznie, po licznych dyskusjach, ówczesny dyrektor muzeum, Michał Niezabitowski, podjął decyzję o otwarciu placówki dla zwiedzających. Był to pomysł nowatorski w skali kraju, również na świecie tylko nieliczne muzea tworzą magazyny-muzea. W tym celu wytyczono specjalną trasę dla gości, utworzono salę konferencyjną i multimedialną, zbiory zostały dodatkowo umieszczone w specjalnych meblach, w dużej części przeszklonych. Uroczyste otwarcie budynku nastąpiło 6 grudnia 2017.
W 2018 Thesaurus Cracoviensis zostało uhonorowane nagrodą Sybilli w kategorii inwestycje w 2017 roku, natomiast w 2021, wraz z Muzeum Książąt Czartoryskich, wyróżnione w konkursie .
Zbiory muzeum Muzeum składa się z czterech pięter o łącznej powierzchni 2209 m². W pobliżu wejścia na parterze wystawiona została przezroczysta urna z ziemią z cmentarza św. Jana w Lipsku, gdzie pierwotnie pochowany był książę Józef Poniatowski.