Już w 1612 r. Thurzonowie założyli tu parafię ewangelicką, a Namiestów zaczął się rozwijać nie tylko jako ośrodek handlowy, ale i jako centrum religijne. To protestanci wybudowali tu w latach 1656–1659 pierwszy kościół. W wieku XVII – wieku powstań antyhabsburskich – Namiestów zapisał się do historii pod rokiem 1671, kiedy zajął go jeden z dowódców kolejnego powstania kuruców – Kasper Pika. Pod hasłami antyhabsburskimi i antykatolickimi skupił wokół siebie znaczną ilość okolicznej ludności i z takim wojskiem zdobył niedalekie Zamki Orawskie.
Na początku XVIII w. Namiestów stał się głównym ośrodkiem rekatolicyzacji Orawy. Przybywało tu coraz więcej ludności katolickiej, a także żydowskiej. Motorem rozwoju wsi stało się prawo do wolnego handlu płótnem, które otrzymała ona w 1728 r. 14 czerwca 1776 cesarzowa Maria Teresa nadała wsi przywileje miejskie: uprawniały one do organizowania czterech jarmarków rocznie oraz cotygodniowych targów w każdy czwartek. Tutejsze targi i jarmarki należały do najsłynniejszych na całej Orawie. Oprócz płótna i innych wyrobów z lnu sprzedawano tu zwłaszcza wyroby z konopi, kożuchy oraz wyroby skórzane.