Rozgrywka Gracz wciela się w Huntera, superbohatera stworzonego przez Firaxis Games we współpracy z Marvel Comics specjalnie na potrzeby Marvel’s Midnight Suns. Na początku gry możliwe jest spersonalizowanie postaci poprzez określenie jej wyglądu oraz wyboru sylwetki i głosu (męski lub żeński). Początkowo postać dysponuje odgórnie narzuconym zestawem kart reprezentujących jej supermoce, a wraz z rozwojem fabuły zdobywa nowe oraz ulepsza i modyfikuje już zdobyte. Wybierając spośród trzydziestu kart zdolności gracz może układać z nich talie odpowiadające preferowanemu przez siebie stylowi rozgrywki, tworząc np. postać specjalizującą się w zadawaniu dużych obrażeń, wspieraniu sojuszników poprzez nakładanie na nich pozytywnych efektów albo skupiającą na sobie ataki przeciwników. Zdobyte karty można ulepszać i modyfikować, dzięki czemu zapewniają dodatkowe efekty i premie. Rozgrywka podzielona jest na dwa aspekty – walkę w rzucie izometrycznym i eksplorowanie opactwa z perspektywy trzeciej osoby.