W marcu 1941 roku na rozkaz Niemców granica getta została przesunięta na środek ulicy Bagno.
5 czerwca 1944 roku na ulicy doszło do potyczki między grupą bojową z kompanii „Czwartaków” Gwardii Ludowej, podążającą na akcję w kierunku ulicy Elektoralnej, a grupą żandarmów i żołnierzy niemieckich.
Północny odcinek ulicy był terenem zaciętych walk w czasie powstania warszawskiego. 1 sierpnia 1944 roku powstańcy z batalionu „Kiliński” podjęli pierwszą, nieudaną próbę zdobycia PAST-y, będącej ważnym węzłem łączności niemieckiej na zapleczu frontu wschodniego. Ataki ponawiano m.in. 3, 4, 5 i 6 sierpnia. Ulicę przegrodziło kilka powstańczych barykad, m.in. przy ulicach Próżnej, Siennej i Złotej. Były one niszczone przez niemieckie czołgi dostarczające do 13 sierpnia załodze PAST-y broń, amunicję, żywność i medykamenty. Pomimo zaciekłej obrony powstańcy zdobyli budynek 20 sierpnia 1944 roku i utrzymali go do kapitulacji powstania.
W czasie i po powstaniu zabudowa ulicy została prawie całkowicie zniszczona przez Niemców. W 1948 roku wzdłuż ulicy wybudowano tor kolejowy i rozpoczęto wywożenie gruzu z tej części miasta.