Zaledwie 13 miesięcy po sprzedaży Autonomy, HP ogłosiło wykrycie poważnych nieprawidłowości księgowych i jawnie nieprawdziwych informacji, które miały sztucznie zawyżyć wartość firmy o blisko 9 mld dolarów. Chociaż brytyjskie organy ścigania nie znalazły wystarczających dowodów do skazania, w 2018 r. władze USA oskarżyły go o oszustwo, zaś dyrektora finansowego Autonomy, Sushovana Hussaina, uznano winnym oszustwa i skazano na pięć lat więzienia. W marcu 2019 r. HP złożyło pozew cywilny o oszustwo w Londynie. Sprawa zakończyła się w styczniu 2022 r., kiedy to sędzia przyznał koncernowi odszkodowanie, jednak niższe niż żądane 5 mld USD. W międzyczasie władze USA domagały się ekstradycji Lyncha pod zarzutem spisku i oszustwa. W maju 2023 r. Lynch został przetransportowany do USA, gdzie został umieszczony w areszcie domowym w San Francisco. Oskarżony o oszustwa finansowe, oszustwa związane z papierami wartościowymi i spisek, nie przyznał się jednak do winy. 6 czerwca wraz ze swoim byłym wiceprezesem ds. finansów, Stephenem Chamberlainem, zostali uznani za niewinnych wszystkich zarzutów.